Петр Иванович Щукин родился 18 февраля 1853 года, третьим ребенком в семье мануфактурного торговца Ивана Васильевича Щукина и Екатерины Петровны, урождённой Боткиной. Его отец, человек с широкими взглядами, стремился дать своим детям разностороннее образование. В доме Щукиных был целый штат гувернёров, воспитателей и преподавателей. Занятия с ними дополнялись посещением картинной галереи братьев Третьяковых и знакомством с коллекцией картин друга семьи, К.Т. Солдатенкова. Близкие родственные узы связывали Щукиных с семьей Боткиных, среди которых были известные писатели и коллекционеры Василий, Михаил и Дмитрий. А.А. Фет и И.С. Остроухов приходились П.И. Щукину дядями. Среда, в которой воспитывались братья Щукины, прививала им интерес к культуре и искусству, одновременно подготавливая их к традиционной семейной коммерческой деятельности.
В 1867 году Петр Щукин окончил Бемскую школу в Выборге, затем в 1871 году — пансион Д.Ф. Гирста в Петербурге, а в 1872 году поехал за границу для стажировки в различных фирмах, чтобы набраться практического опыта. В Берлине он посещал Немецкий Промышленный музей, где познакомился с Юлиусом Лессингом, слушал лекции таких ученых и специалистов, как Р. Вирхов, Ф. Шпильгаген, Отто Уле, Эдуард Ласкер, Франц, Дункер и Г. Гельмгольц. Позднее, переехав в Лион, он изучал французский язык и историю тканей.
Начало своей западной коллекции П.И. Щукин заложил ещё в 1870-е годы в Лионе, собирая французские книги, которые покупал у букиниста, торговавшего под пристолом Большого театра, а также фотографии и гравюры актеров, писателей, ученых, военных и других выдающихся личностей. Вернувшись в Москву в 1878 году, Щукин продолжал пополнять свою коллекцию, в которую вошли гравюры лучшего немецкого иллюстратора книг XVIII века Даниила Ходовецкого, офорты и рисунки Филисиена Ponca, литографии Гаварни, Пьера-Луи Граведона и Буали. Впоследствии его коллекция включала предметы Западной церкви, образцы тканей из Лиона, старинное французское, бельгийское и итальянское кружево, литовские и польские кушаки, голландские изразцы, гарднеровский фарфор, часы (карманные, золотые, серебряные, медные, с разноцветной эмалью, с алмазами и жемчугом) французских и английских мастеров XVII — XIX веков, веера, холодное и огнестрельное оружие, мебель различных стилей и картинную галерею от старых западных мастеров до импрессионистов и других выдающихся художников.
В Москве Петр Щукин оказался в кругу известных коллекционеров, таких как Н.С. Мосолов, Н.В. Баснин, Н.Г. Егоров, С.С. Шайкевич, И.М. Остроглазов, В.С. Абакумов, В.К. Вульферт и других.
Войдя в дело отца, Петр Иванович стал регулярно посещать Нижегородскую ярмарку, где собирались торговцы стариной. В своих воспоминаниях он писал: «На Нижегородской ярмарке я начал собирать предметы Востока...». Его интерес к искусству Востока (Персии, Индии, Китая) возник в конце 1880-х годов, когда по поручению отца он покупал ковры в персидских рядах для дома. Персия заинтересовала его настолько, что он начал читать книги о ней на русском, немецком и французском языках. Впоследствии он познакомился с иранским вице-консулом Нематулой Ашимовым, у которого позже приобрел множество персидских предметов.
Щукин также покупал восточные экспонаты у антиквара М.М. Савостина, который специально для него собирал предметы старины, а также у торговца коврами Усейнова и фотографа А.С. Роинова. Изначально он приобретал на Нижегородской ярмарке преимущественно современные предметы, но затем начал собирать старинные персидские вещи в Москве, Париже, Стокгольме и Стамбуле. В Москве он покупал старинные русские церковные облачения, многие из которых были изготовлены из персидских тканей. В его восточной коллекции были вещи из собраний А.А. Брокара, А.В. Морозова, Г.Д. Филимонова, В.Г. Сапожникова и М.И. Тюлина. В 1908 году он приобрел коллекцию генерала А.В. Комарова, включавшую памятники искусства Ближнего и Среднего Востока, находки из раскопок Афрасаиба (Средняя Азия).
Щукинская восточная коллекция включала ковры, ткани, миниатюры, рукописи, изделия из фарфора, керамики, кости, камня, а также оружие. В 1910 году он представил свою коллекцию на выставке мусульманских искусств в Мюнхене, где она произвела огромное впечатление и получила множество похвальных отзывов.
Небольшая часть восточных предметов из щукинской коллекции находится в Государственном музее Востока. Эти экспонаты поступили в музей в 1919 и 1934 годах и были распределены по двум отделам — Ближнего и Среднего Востока. Часть восточной коллекции Щукина была представлена на выставке «Московские коллекционеры произведений искусства Востока» в 1997 году и включена в путеводитель Государственного музея Востока.