«При императоре Павле I, — писал П.П. Свиньин, — Алексеев был отправлен Академией в Москву с двумя учениками для создания видов этой живописной столицы. Он вернулся через полтора года с богатым портфелем, который до самой смерти служил ему неисчерпаемым источником вдохновения и прибыли, поскольку едва он успевал писать московские виды, как на них сразу же находились покупатели». Алексеев и его ученики И.В. Мошков и А.М. Кунавин провели в Москве более полутора лет — с октября 1800-го по март 1802 года. По всей видимости, древний город с его уникальной архитектурой, столь непохожей на классицистический Петербург, произвел на художника огромное впечатление. «Увидев Москву, — писал он в письме президенту Академии художеств графу А.С. Строганову в октябре 1800 года, — я нашел столько прекрасных сюжетов для картин, что не знаю, с какого вида начать». Считается, что в Москве он написал несколько живописных произведений, включая вид Красной площади, которые в 1801 году были отправлены в Петербург для представления императору Александру I. Все остальные известные московские виды он выполнил позднее, в своей петербургской мастерской. Эти картины принесли Алексееву широкую известность и множество заказов как от частных лиц, так и от Академии художеств и Императорского двора. Изображения древних памятников первопрестольной столицы можно было увидеть в императорских дворцах и особняках знатных вельмож. Одна из картин Алексеева с видом Кремля и Каменного моста была подарена в 1808 году прусскому королю Фридриху-Вильгельму III. В декабре 1802 года художник получил звание профессора и был произведен в советники Академии художеств, а в марте 1803 года возглавил класс перспективной живописи. Несмотря на наличие мастерской и учеников, собственной школы Алексеев так и не основал. Большинство его учеников остались малоизвестными, а самый талантливый из них, М.Н. Воробьев, который стал крупным мастером русского городского пейзажа первой половины XIX века, работал в иной стилистической манере.
Сегодня живописные произведения Федора Алексеева, изображающие виды Петербурга, Москвы и южных городов, хранятся в крупнейших музейных собраниях России. Эти работы хорошо известны и многократно публиковались в различных изданиях по истории русского изобразительного искусства и каталогах. Однако графическое наследие художника остается менее знакомым широкой публике.
В иконографии древней столицы графические работы Алексеева занимают особое место. Московские виды Алексеева можно с полным правом назвать изобразительной энциклопедией «допожарной» Москвы. В 1823 году В.И. Григорович, конференц-секретарь Академии художеств, в обзоре «новых произведений» подчеркнул, что картина академика Алексеева, «изображавшая вид Московского Кремля, взятый впереди Каменного моста, имеет особенную ценность, так как показывает Москву в том виде, в каком она была до нашествия неприятеля».
Пожары 1812 года, уничтожившие почти три четверти старой застройки Москвы, открыли новую страницу в ее градостроительной истории. Однако многое, что удивляло и привлекало иностранцев и жителей Петербурга, ушло безвозвратно. Французская художница Элизабет Виже-Лебрен, приехавшая в Москву почти одновременно с Алексеевым в октябре 1800 года, писала: «Поистине изумительное зрелище представляет собой это множество дворцов, общественных памятников прекрасной архитектуры, монастырей, церквей, вперемешку с сельскими видами и деревенскими постройками. Это смешение великолепия с деревенской простотой производит волшебное впечатление».
Видимо, аналогичные впечатления испытал и Федор Алексеев, который сразу после прибытия в Москву начал работать над акварельными видами города и его окрестностей. Тематика этих работ значительно шире и разнообразнее по сравнению с его живописными произведениями. Эти акварельные виды можно рассматривать как своеобразный дневник, подробно рассказывающий о пребывании художника в Москве. Поражает широта интересов Алексеева, который стремился запечатлеть всё самое яркое и значительное в архитектурном облике города.
В поисках интересных и типичных памятников древности художник проник в суть повседневной жизни столицы, посещая такие уголки Москвы, куда редко заглядывали любопытные путешественники. Благодаря Алексееву мы можем представить живописный, во многом еще средневековый облик Кремля с его знаменитыми Гербовыми воротами, Конюшенным приказом, Троицким подворьем, Приказом Большого дворца и Потешным дворцом. Мы можем прогуляться по Китай-городу и увидеть его древние стены с башнями и проездными воротами, посетить многочисленные церкви, монастыри и многолюдные торговые ряды, полюбоваться такими замечательными памятниками московского зодчества, как Кадашевский Хамовный двор в Замоскворечье или церковь Богоматери Гребневской на Малой Лубянке.
Некоторые из этих зданий были разобраны вскоре после отъезда художника в Петербург, другие перестроены после пожаров 1812 года, а третьи снесены в годы советской власти.