В 1802 году типография Бекетова выпустила третью тетрадь "Пантеона". Издание продавалось с трудом, и многие книжные магазины отказывались брать его на реализацию, так как альбом на простой бумаге стоил 3 рубля, а на веленевой — 5 рублей. Не раздумывая, Бекетов открыл собственную книжную лавку на углу Кузнецкого моста и Рождественки. Вскоре вышла четвёртая, к сожалению, последняя тетрадь "Пантеона". Хотя для следующего выпуска было подготовлено пять портретов и биографии к ним, написанные Н. Карамзиным, пятая тетрадь так и не увидела свет. Однако гравировальная мастерская и типография продолжали работать. В 1805 году типография выпустила два издания, которые сегодня считаются редкими. Первое — перевод с французского языка с приложением оригинала "Элегии к тени графини Прасковьи Ивановны Шереметевой" с гравюрой А. Осипова, выполненной по рисунку Изабе. Второе — фолиант "Образцы литер российских, французских, немецких и прочего, находящегося в типографии Платона Бекетова". Известны два экземпляра этого издания: один, подносной, напечатан на белой плотной бумаге, а другой — на бледно-зеленой бумаге в розовой обложке. На 31 ненумерованном листе представлены образцы литер и типографских украшений.
Помимо иностранных переводов, в типографии Бекетова печатались произведения русских авторов, таких как И. Богданович, Н. Гнедич, В. Жуковский, И. Дмитриев, Н. Карамзин и Д. Хвостов. В 1807 году Платон Бекетов начал выпуск шеститомного "Собрания оставшихся сочинений покойного Александра Николаевича Радищева". Естественно, по цензурным соображениям, знаменитое "Путешествие из Петербурга в Москву" в этом собрании отсутствовало. Однако сам экземпляр запрещенного издания 1790 года в зеленом сафьяне стоял на полке библиотеки Бекетова. Позднее эту книгу купил московский книготорговец А. Ширяев, а от него она перешла к А. Черткову. Сейчас этот экземпляр хранится в Государственной исторической публичной библиотеке. Собрание сочинений Радищева вскоре после выхода стало библиографической редкостью, а часть тиража пострадала во время нашествия французов.
С большой любовью Бекетов издавал сочинения своего двоюродного брата, И. Дмитриева. Одной из самых редких книг поэта считается изданное в 1808 году Платоном Петровичем «Путешествие NN. в Париж и Лондон, писанное за три дня до путешествия». И. Дмитриев сочинил это произведение по поводу поездки В. Л. Пушкина за границу в стихотворно-шутливой форме. Тираж книги составил всего 50 экземпляров, часть из которых была отпечатана на бледно-розовой бумаге. В. Л. Пушкин скупал и сжигал эту 25-страничную книжечку.
В том же году вышла 10-страничная брошюра «Краткое описание жизни Василья Яковлевича Левашова». На форзаце издатель написал от руки: «Сие описание жизни В. Я. Левашова сочинено мною и напечатано в моей типографии в 1808 году; оно изготовлено было для помещения в книге под названием: Письма и указы разных государей к В. Я. Левашову, но после этого положено поместить там писанное В. Жуковским. — Книга сия есть единственная, потому что напечатан один только экземпляр собственно для меня, и ни у кого другого её нет. Замарана в несчастном 1812 году». Этот единственный экземпляр брошюры хранится в РГБ.
В 1809–1810 годах появился шеститомник «Собрание сочинений Ипполита Фёдоровича Богдановича», часть тиража которого сгорела в пожаре 1812 года. Тот же печальный конец постиг и изящное издание 1811 года «Душеньки» Богдановича. В предисловии к 7-му изданию 1815 года Бекетов отметил, что из тиража в 2 000 экземпляров сохранилось лишь 12–15. К концу XIX века было известно только о трёх сохранившихся экземплярах «Душеньки» 1811 года.
За свои литературные и издательские заслуги в 1811 году Бекетов был избран председателем «Общества истории и древностей российских». Годом ранее он издал старинную рукопись с рисунками «Описание в лицах торжества, происходившего в 1626 году февраля 5, при бракосочетании Государя Царя и Великого Князя Михаила Фёдоровича с Государыней Евдокиею Лукьяновною, из рода Стрешневых». Фолиант украшали 65 гравированных контуром картинок (в большинстве экземпляров 63 гравюры). Цена раскрашенных экземпляров в переплёте по каталогу Ширяева доходила до 25 рублей, а на веленевой бумаге — до 35 рублей.
Московский пожар 1812 года уничтожил не только типографию и книжную лавку Бекетова, но и все его коллекции. По словам П. Симони, «после этого горестного события Бекетов не мог уже оправиться». Несмотря на это, он подготовил и напечатал в типографии С. Селивановского «Собрание портретов россиян, знаменитых по своим деяниям...». Бекетов задумывал это издание как продолжение «Пантеона», которое должно было состоять из четырех частей по 50 портретов в каждой и выходить «Отделениями». Одно из таких «Отделений» составляло одну часть «Пантеона». Первую и единственную часть издавали с 1821 по 1824 год. К сожалению, идея создать русскую историю в портретах не нашла поддержки у подписчиков, и оба задуманных издания не были завершены.
Последние годы жизни Платон Петрович Бекетов провел в Москве на своей загородной даче близ Симонова монастыря из-за ухудшившегося здоровья. Он скончался 6 января (по старому стилю) 1836 года и был похоронен в Московском Новоспасском монастыре.
За свою жизнь Бекетов успел выпустить только семьдесят портретов, хотя им было заготовлено более 300 гравированных досок. Со многих из них были отпечатаны лишь пробные оттиски в единичных экземплярах, которые сегодня являются редкостью (портреты Радищева, Хвостова, Сушковой и др.). Часть портретов была отпечатана в большом количестве, но не успела выйти в свет при жизни издателя. Эти оттиски пролежали на чердаке его дачи сорок лет, пока их случайно не обнаружили. В 70-х годах XIX века их купил известный библиофил и собиратель И. Остроглазов. Часть гравюр он раздал знакомым собирателям, а после его смерти в 1892 году оставшаяся коллекция появилась в продаже у Н. Шибанова.